Poslanik s.a.v. je imao običaj da, kada dođe u mjesto koje je palo pod utjecaj islama, sam lično vodi sve njegove vjerske i političke poslove. Kada je želio da ga napusti postavio bi odgovarajuće osobe da vode te poslove umjesto njega. Ovo je činio iz razloga da se ljudi i narodi koji nisu bili upoznati sa vjerskim i političkim učenjima islama, upoznaju s njima na najbolji mogući način. Tako, kada je odlučio da iz Mekke krene prema teritorijama koje su naseljavala plemena Havazin i Saqif, zadužio je Muaza b. Džebela da vjerski obrazuje narod tog kraja i odgovara na njihova pitanja u vezi vjere, a Ataba b. Usejda je odredio kao upravnika grada i odgovornog za njegovu administraciju.

Kada je napustio grad Poslanik s.a.v. je sa sobom imao dvanaest hiljada naoružanih vojnika. Deset hiljada, koji su učestvovali u osvajanju Mekke, bio je poveo sa sobom iz Medine a dvije hiljade su bile sačinjene od Kurejša koji su bili tek prihvatili islam. Vođa ove grupe bio je Ebu Sufjan. U to vrijeme tako brojčano snažna armija nije se mogla naći. Međutim, kako će se uskoro vidjeti, brojčana snaga neke armije može postati uzrokom njenog poraza. Razlog tome u ovom slučaju je bio što su muslimani, za razliku od prošlih bitaka, bili opčinjeni svojom brojčanom snagom te su zanemarili ratnu taktiku. Kada je Ebu Bekr vidio koliko su muslimani brojčano jaki rekao je: 'Nema armije koja nas može sada pobijediti!'. Međutim, pokazat će se da brojčana nadmoćnost nije jedini činilac za pobjedu u ratu i, u stvari, ona nije od presudne važnosti. Časni Kur'an pominje ovu činjenicu u jednom od ajeta gdje kaže: ''Allah vas je na mnogim bojištima pomogao, a i onog dana na Hunejnu, kada vas je mnoštvo vaše zanijelo, ali vam ono nije ni od kakve koristi bilo, nego vam je zemlja, koliko god da je prostrana bila, tijesna postala, pa ste se u bijeg dali.'' (K.9:25) 

Nakon pada Mekke u ruke muslimana, u mjestima naseljenim idolopokloničkim plemenima Havazin i Saqif vršile su se užurbane ratne pripreme. Koordinaciju između njih vršio je iskusni ratnik Malik b. Avf el-Nasri. Cilj im je bio da, prije nego se vojska organizuje i podigne protiv njih, oni prvi nju iznenada napadnu i unište. Mušrička plemena Beni Hilal, Nasr i Džažam su im se također pridružila u ovoj njihovoj nakani. Svakom vojniku je bilo naređeno da dovede svoju porodicu, žene i djecu, i stavi ih iza borbenih linija, odnosno svojih leđa. Kada su upitali za razlog bilo im je rečeno da će tako ostati do kraja u borbi da brane svoje najmilije, i sigurno neće bježati. Kada je Durejed b. Sammah, stari i iskusni ratnik, čuo plač žena i djece, usprotivio se ovom postupku riječima: ''U slučaju da budemo poraženi, u ratni plijen vojsci islama nepotrebno ćemo dodati i naše najmilije.'' Međutim, njihov komandant nije htio ni da čuje o mogućnosti poraza. Događaji će pokazati da je Durejd bio u pravu, i da je prisutnost žena i djece u bojištu u kojem se trebalo biti veoma pokretan, predstavljala smetnju a ne korist. 

Poslanik s.a.v. je poslao Abdullaha Aslamija da sakupi informacije o opremi, namjerama i ciljevima neprijatelja. Kada je dobio željene podatke Abdullah se vratio među muslimane. Muslimani su sada znali da se neprijatelj sprema napasti, ali kada i gdje ostalo im je nepoznato. Neprijatelj je također bio poslao svoje špijune da ispitaju snagu i spremnost muslimana. Oni su se vratili očarani snagom muslimana, te time nepovoljno djelovali na moral svojih suboraca. Međutim, njihov komandant je smislio način kako da umanji efekat brojčane superiornosti muslimanske vojske. Mislio je da napravi zasjedu i iznenadnim napadom unese paniku i pometnju u redove muslimana. Za mjesto zasjede odabrao je kraj kanjona koji je vodio u dolinu Hunejn. Naredio je svojim ljudima da se sakriju iza kamenja i stijenja na obe strane kanjona. Tako spremni čekali su vojsku islama. Prvo su je mislili zasuti strijelama, i onda bi se jedna grupa, pod zaštitom strijelaca, spustila među muslimane da bi ih što više pobila, zarobila ili rastjerala. 

Kada je Poslanik s.a.v. saznao od Abdullaha o snazi i odlučnosti neprijatelja, otišao je do Safvana b. Umejje i posudio od njega stotinu žičanih ratnih košulja. Sam on je obukao dvije a ostale podijelio onima koji ih nisu imali. Stavio je kacigu na glavu i uzjahao bijelu mazgu, koja mu je bila poklonjena. Onda je krenuo na začelju vojske islama. Pred kraj dana stigli su na ulaz kanjona na čijem kraju je bila zasjeda. Bilo je odlučeno da noć provedu tu i da sutra ujutro nastave putovanje kroz kanjon. Sljedećeg dana prva grupa koja je stigla do kraja kanjona bila je sačinjena od ratnika plemena Benu Salima koji su bili pod komandom Halida b. Velida. Odjednom su čuli zujanje strijela i ratne pokliče neprijatelja sakrivenog s obje strane kanjona. Strijele su padale u kao kiša i nije bilo nikakvog prirodnog zaklona koji bi muslimani mogli koristiti da se sklone. Još se nisu bili oporavili od šoka koje su oblaci strijela donijeli kada ih je napala velika grupa vojnika obrušavajući se na njih sa svih strana. Neprijatelj je bio postigao željeni efekat. Muslimani su bili u totalnom rasulu i panika je bila zavladala u njihovim redovima. Ovo stanje muslimana predstavljalo je veliko zadovoljstvo dvoličnjacima u njihovim redovima. Zabilježeno je da je Ebu Sufijan prokomentarisao: ''Ako budu ovako bježali muslimani će izbiti i na obalu mora.'' Drugi dvoličnjak je rekao: ''[Poslanikova] magija je napokon poražena!'' Treći je čak predlagao da iskoriste ovu situaciju i da se jednom za svagda riješe Muhammeda (s.a.v.) i njegove vjere. 

Poslaniku s.a.v. je jako teško palo rasulo i nered u redovima njegovih ashaba u tako kritičnim momentima. Ako se odmah ne bi nešto učinilo znao je da ishod ove bitke može biti samo poraz vosjke islama. Zbog toga je glasno povikao: ''O pomagači Allaha i Njegovog Poslanika! Ja sam Njegov rob i Poslanik.'' Onda je, u društvu hazreti Alija, Abbasa, Fadla b. Abbasa, Usame i Ebu Sufjana b. Harisa, potjerao mazgu prema neprijatelju koji je bio zauzet ubijanjem muslimana koji su bili u bjegstvu. Zatražio je od amidže Abbasa, koji je imao jak i prodoran glas, da doziva muslimane riječima: ''O Ensarije, Poslanikovi pomagači! O vi koji ste mu se zakleli na vjernosti ispod drveta! Kuda ćete? Gdje idete? Pa Poslanik s.a.v. vam je ovdje!'' Abbasove riječi su doprle do ušiju muslimana i oni su se onda počeli vraćati Poslaniku s.a.v.. Organizovali su se na brzinu, te nakon kraćeg vremena zaustavili napad neprijatelja i onda krenuli u protivnapad. Grižnja savjesti i želja da se otkupe za početni strah i napuštanje Poslanika s.a.v. pojačali su njihovu odlučnost da poraze mušrike. Kada je neprijatelj vidio da sada nema šanse protiv muslimanskih snaga počeo je da se u neredu povlači. Da bi još više ohrabrio muslimane Poslanik s.a.v. im je govorio: ''Ja sam Allahov Poslanik koji nikad laž nije izustio, i znajte da mi je Allah obećao pobjedu.'' 

Ratnici mušrika su se potpuno povukli ostavljajući iza sebe žene i djecu, ratnu opremu i svoje mrtve. Broj poginulih muslimana je također bio velik, ali niko od historičara nije naveo tačno koliki je on bio. Šest hiljada vojnika neprijatelja palo je u ruke vojske islama. Pored toga zarobili su četiri hiljade kamila, četrdeset hiljada ovaca i oko 850 kilograma srebra. Poslanik s.a.v. je naredio da se te stvari daju na čuvanje dok se on s.a.v. sa vojskom islama uputio ka Taifu, sljedećem uporištu mušrika Arabije.